Llegan las navidades y Zipi y Zape la vuelven a liar parda. Esta vez la travesura es tan grande que son castigados sin vacaciones y obligados a acompañar a sus padres a lo que parece ser un aburrido viaje en barco. Para su sorpresa, el destino es una espectacular y remota isla.
Una terrible tormenta les obliga a refugiarse en la mansión de la divertida señorita Pam, donde niños sin familia disfrutan de un paraíso sin reglas. Ayudados por Pipi, Maqui y Flequi, los hermanos descubren que la repentina desaparición de sus padres en medio de la noche guarda relación con el secreto que encierran la misteriosa isla y sus extraños habitantes.
'Zipi y Zape y la Isla del Capitán' está protagonizada por Elena Anaya y los jóvenes Teo Planell y Toni Gómez que interpretan a Zipi y Zape, los mellizos más queridos de España. Junto a ellos, su nueva pandilla formada por Iria Castellano, Máximo Pastor y Ana Blanco. Completan el reparto los actores Fermí Reixach, Jorge Bosch, Carolina Lapausa, Goizalde Núñez y Juan Codina.